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Afin de contribuer à la valorisation des milieux récifaux réunionnais l'Aquarium de La Réunion travaille en partenariat avec de nombreuses structures publiques et privées :

- Muséum d'Histoire Naturelle de La Réunion - Département de La Réunion,
- Laboratoire d'Ecologie Marine - Université de La Réunion,
- IRD Réunion,
- IFREMER Réunion,
- ARDA, association réunionnaise pour le développement de l'aquaculture,
- La Cité du Volcan,
- Kelonia, l'observatoire des tortues marines de La Réunion,
- Le Comité des Péches de La Réunion,
- La Réserve Naturelle Marine de La Réunion,
- L'association Vie Océane de La Réunion,
- Globice, groupe local d'observation et d'identification des cétacés,
- Océanopolis, Centre de culture scientifique et technique de Brest,
- L'Arvam, Association réunionnaise de valorisation de la mer,
- Le Rectorat de La Réunion.

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